Héraðsskjalasafn Skagfirðinga var ekki síst stofnað með það í huga að geta varðveitt margvísleg handrit einstaklinga. Umfangsmikil söfnun á handritum hófst á fyrri hluta 20. aldar og náði söfnun þeirra í raun út fyrir Skagafjörð. Elstu handrit sem varðveitt eru á safninu er Sverris saga og Konungsskuggsjá, rituð um 1660 fyrir Magnús Jónsson prúða í Vigri. Við viðgerð á handritinu um miðja 20. öld kom hins vegar í ljós eina skinnblaðið sem varðveitt er í safninu en það er blað með nótum, líklega frá 14. öld sem falið var í bandi bókarinnar. Fjölmörg handrit frá 18. öld eru varðveitt á safninu en flest eru þau frá 19. og 20. öld. Handritin geyma margvíslegt efni; sögur, rímur, fræðslukver, hugleiðingar, skáldskapur, ættfræði og bréf eru meðal þess sem þar má finna.
Á safninu eru jafnframt margvísleg gögn sem flokkast undir opinber skjalgögn. Opinber skjalgögn eru afar fjölbreyttur skjalaflokkur. Þar má finna gögn opinberra aðila, s.s. sveitarfélaga (hreppa) og félaga sem njóta verulegs styrks af almannafé. Þar má fá upplýsingar um líf og starf almennings en elstu opinberu heimildir sem varðveittar eru á safninu eru frá 18. öld. Í dag eru tvö sveitarfélög í Skagafirði; Sveitarfélagið Skagafjörður og Akrahreppur. En árið 1998 sameinuðust eftirfarandi hreppar í Sveitarfélagið Skagafjörð; Sauðárkrókur, Staðarhreppur, Skarðshreppur, Skefilsstaðahreppur, Seyluhreppur, Lýtingsstaðahreppur, Viðvíkurhreppur, Rípurhreppur, Hólahreppur, Hofshreppur og Fljótahreppur. Gömlu hreppagögnin eru varðveitt á safninu.
Skagfirskar menntastofnanir eiga einnig sitt pláss á safninu. Gögn leik- og grunnskóla, Kvennaskólans að Löngumýri, Héraðssetursins í Varmahlíð og Bændaskólans að Hólum í Hjaltadal eru varðveitt á safninu.
Gögn félagasamtaka eru einnig afar fyrirferðamikil á safninu. Má þar nefna bækur íþróttafélaga, málfundafélaga, bindindisfélaga, búnaðarfélaga, auk margvíslegra gagna annarra félagasamtaka sem starfrækt hafa verið í Skagafirði.